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科技服务 · 组学科研
细菌基因组研究通过测序与组装获得全基因组序列,并开展结构与功能研究。依据研究目标精细程度,可提供细菌框架图(草图)与细菌完成图等不同方案,帮助解析生理过程、致病机制与进化关系。
应用方向
- 预测重要基因与蛋白功能,寻找关键功能基因
- 种内进化与遗传机制、病原致病机制
- 抗生素、疫苗与药物开发相关研究
测序策略
可采用 Illumina PE150、PacBio 或 Nanopore 等平台,根据完成度目标选择深度与文库类型;完成图通常结合多类型文库与长读长以解决重复与环化问题。
常见问题
细菌细胞内常存在多条质粒;受建库长度与质粒数量限制,不保证组装出全部质粒。合理策略可减少质粒丢失、大片段错拼与无法环化等问题。
框架图:小片段文库 + 高深度 + 初级组装。精细图:大小片段文库 + 更高深度 + 针对性组装。完成图:多类型文库与多种技术整合,目标为单条完整环状基因组(1 contig、0 gap)的高标准。