组织样本

  • 样本量:菌体≥2g,-80℃保存,干冰寄送
  • 样本准备:对数期4ml菌液,4000×g离心10min(4℃),弃上清,沉淀(对应菌液离心)用无菌水洗2次后干冰送样,建议送2-3个平行,避免一次提取不成功
  • 甘油保存的样本,需要重新液体培养基(例如 LB)活化到对数期,不可直接送甘油保存的菌株
  • 不建议送固体培养皿的菌,如是只有固体培养基才能活,可以刮到有PB缓冲液的离心管里面,离心,送沉淀2g以上
  •  真菌(>0.5g)大型菇类等,建议送菌丝,不建议送孢子或是子实体,杂合率较高,不利于组装
  • 样本一定为非灭活样本,灭活会导致核酸严重降解
  • 不接收人间传染的病原微生物目录里涉及的菌种样本

 

核酸样本

浓度 >5ng/μl,体积 20μl≤V≤120μl ,总量>400ng。针对核酸有杂质、污染、粘稠、颜色等情况,需要过柱纯化后送样或者酌情增加送样量

 

 

组织样本

  • 土壤/污泥/沉积物/腐殖质:≥5ml(离心管刻度)或≥3g;建议使用5mlEP或15ml、50ml离心管进行装载,并用封口膜封口,使用自封袋容易撒漏导致样品交叉污染
  • 粪便、肠道内容物≥2mL、食糜≥4mL(离心管刻度)或≥2g;粪便样本不建议保护液寄送,直接寄送粪便提取效果更好;拭子建议用保护液
  • 瘤胃液/发酵液/组织液/冲洗液(离心有明显沉淀)3-5ml或沉淀≥1 g
  • 水体、空气滤膜:直径4cm,滤膜3张(有明显颜色沉淀在滤膜上)
  • 拭子:5-10个;无菌拭子反复擦拭,拭子表面有肉眼可见变化,对于较干燥的表面,可用生理盐水浸湿拭子后擦拭,以采取更多的微生物

核酸样本

浓度 >5ng/μl,体积 20μl≤V≤120μl ,总量>400ng。针对核酸有杂质、污染、粘稠、颜色等情况,需要过柱纯化后送样或者酌情增加送样量

组织样本

  • 植物组织>0.5g,成熟组织部位,例如植物根、茎、种子等部位建议2倍以上送样
  • 动物组织>0.3g,核酸不丰富部位,例如脂肪、成熟皮肤、骨头等部位建议增加送样量
  • 动物血液(哺乳类)>1mL;动物血液(红细胞有核类)> 0.5mL,血清血浆需酌情增加送样量
  • 唾液>4mL
  • 菌液(对数生长期)>4mL;菌体≥4mL菌液离心;真菌菌丝>0.5g
  • 土壤>2mL(离心管刻度)
  • 粪便、肠道内容物、食糜≥1mL(离心管刻度);瘤胃液>2mL
  • 胃液有浑浊,离心送沉淀为佳
  • 水体(滤膜):直径4cm,滤膜3张,如果菌群丰度较低,建议增加送样量
  • 拭子>4个,拭子表面有明显颜色变化,达到富集微生物的目的

核酸样本

浓度 >5ng/μl,体积 20μl≤V≤120μl ,总量>400ng。针对核酸有杂质、污染、粘稠、颜色等情况,需要过柱纯化后送样或者酌情增加送样量

组织样本

  • 建议送样量:菌体细胞>1*107个或菌体>0.5g
  • 建议收集液体培养基中对数生长期的菌体
  • 通过低速离心收集菌体并尽可能将培养基去除干净,然后用无菌水或PBS缓冲液冲洗样品1~3遍,送菌液沉淀
  • 不建议用RNAlater保存,因为RNAlater密度较大,取时不易分离菌体
  • 不建议加入裂解液,细菌的提取一般使用试剂盒
  • 不建议加TRIzol,影响菌体裂解
  • 直接送滤膜时,建议送样≥5张,不要将多张滤膜叠在一起后速冻寄送,将滤膜一张一张放入50ml离心管,液氮速15min,-80℃冻存,干冰寄送

核酸样本

 

  •  针对核酸有杂质、污染、粘稠、颜色等情况,需要过柱纯化后送样或者酌情增加送样量
  • 核酸样品建议使用1.5ml、2ml EP管装载样品,其他保存管容易破裂且不利于保存样品和后续实验的开展
  • 为了防止样品污染和混淆,禁止使用96孔板和深孔板装载样品
  • 用乙醇沉淀的样品由于运输中会有少量乙醇挥发,建议将样品管盖用封口膜缠绕4-5圈

植物组织

• 成熟部位,例如植物茎、根、种子等部位建议2倍以上送样
• 需要清洗的样本,可以无菌水或75%乙醇冲洗表面,吸水纸吸干
• 样本离体后,在冰上立即分割50-100mg小块,2-3管备份,放置冻存管并立即液氮速冻,放置-80℃保存,避免未经速冻直接放-80℃保存
• 不建议使用RNAlater等RNA 保护试剂保存植物组织样品;因为植物细胞含有细胞壁,RNA保护试剂很难渗透
• 不建议使用TRIzol保存;TRIzol法并不适用于萃取大多数植物样本,植物组织中的RNA提取多采用专门的提取试剂盒,而TRIzol保存会影响试剂盒提取液的提取效果

动物组织

• 对于动物组织,建议选用新鲜样本,采集样品时应选取核酸含量较多的部位;核酸不丰富部位,例如脂肪、成熟皮肤、骨头等部位建议酌情增加送样量
• 生理盐水漂洗;剔除结缔组织等非研究组织
• 样本离体后,在冰上立即分割50-100mg小块,2-3管备份,放置冻存管并立即液氮速冻,放置-80℃保存,避免未经速冻直接放-80℃保存
• 无法及时用液氮速冻保存的样本,可采用RNAlater等RNA保护液进行送样,注意完全按照RNA保护液操作,尽量使组织块尺寸保持在5mm左右,过小不利于样本收集,过大则保护液不能均匀的渗透到组织。切记不可先-80℃冻存后取出放入RNAlater浸润
• 动物样本可加裂解液(TRIzol,或其他同TRIzol使用方法一致的裂解液);如果使用TRIzol裂解液保存送样,请务必先进行液氮研磨破碎,然后溶于TRIzol中液氮速冻;-80℃保存c. 细胞样本
• 生长状态良好的悬浮细胞或贴壁细胞
• 悬浮细胞:每5×106个细胞(非送样量)加入1ml TRIzol试剂,用枪头反复抽打细胞,直至看不见成团的细胞块,整个溶液呈清亮而不粘稠的状态;转移到的离心管中,液氮速冻,放置-80℃保存
• 贴壁细胞按每10cm2培养面积(相当于六孔板一个孔或35mm直径培养皿)加1ml TRIzol试剂;用枪头反复吹打,使TRIzol接触所有长有细胞的培养瓶表面,并进行充分消化,反复抽打细胞直至看不见成团的细胞块;转移到离心管中,液氮速冻,放置-80℃保存
• 此外,也可将细胞用PBS缓冲液快速洗一次,离心之后收集得到细胞沉淀,液氮速冻,放置-80℃保存d. 血液样本:
• 血液相关的产品只接全血或分离的细胞样本,不接血清/血浆
• 常见血液样本处理方法:
(1)TRIzol法;
(2)PAXgene RNA tube法(全血样本更推荐此保存方法,需自备BD管保存送样);
(3)离心分离得到白细胞或者PBMC。
除上述三种外,全血样本也可不做处理,直接液氮速冻,但由于血液中RNA含量低,同时血细胞容易破裂、释放RNA酶,造成RNA降解,所以提取成功率低
• TRIzol法:先把血液放到抗凝管里,震荡混匀,使血液和抗凝剂充分混合,再抽出一部分和TRIzol混匀,TRIzol和血的比例=3:1,震荡混匀,不要有血块,液氮速冻,-80℃冻存,干冰寄送
• 因转录组测序分析对RNA质量要求较高,建议30天内送样进行RNA提取